Научные интересы

- Генетическая инженерия растений;

- Микроклональное размножение растений;

- Гормональная регуляция роста и развития растений;

- Повышение продуктивности и стрессоустойчивости растений.

- Физиологическая и экологическая генетика;

- Экологический мониторинг и сохранение биологического разнообразия;

- Механизмы регуляции экспрессии генов.

Образование и ученая степень

2003 – 2008 – Иркутский государственный университет, биолого-почвенный факультет; диплом с отличием по специальности «Биология», специализация «Молекулярная биология и биохимия».
2009 – 2011 – Аспирантура при Иркутском государственном университете по специальности 03.02.08 - «Экология»;

2012 - кандидат биологических наук, Иркутский государственный университет.

Повышение квалификации

2009 – «Управление исследовательскими работами в ВУЗе» (Иркутский государственный университет, г. Иркутск).
2019 – «Отраслевые биотехнологии и биоинженерия» (Ярославский государственный университет им. П.Г. Демидова, Ярославль).

Научная-педагогическая работа

2009 – 2011 – Иркутский государственный университет, НИИ биологии, младший научный сотрудник;

2011 – 2012 – Иркутский государственный университет, НИИ биологии, научный сотрудник;

2012 – 2015 – Сибирский институт физиологии и биохимии растений СО РАН, научный сотрудник;

2015 – настоящее время – Сибирский институт физиологии и биохимии растений СО РАН, старший научный сотрудник;

2019 – настоящее время – Иркутский государственный университет, кафедра физико-химической биологии, биоинженерии и биоинформатики, доцент.

Преподаваемые дисциплины

- Генная инженерия (ИГУ, бакалавриат);

- Генно-инженериные системы эукариот (ИГУ, магистратура);

- Реконструктивная биоинженерия (ИГУ, магистратура);

- Механизмы морфогенеза (ИГУ, бакалавриат);

- Большой практикум по профилю «Биоинженерия и биоинформатика» (ИГУ, бакалавриат);

Руководство научно-исследовательскими грантами и проектами

2022–2023 – грант РНФ № 22-24-01113 «Молекулярные, биохимические, физиологические и морфологические особенности генетически модифицированного быстрорастущего тополя берлинского» (конкурс МОНГ).

2019–2021 – грант РНФ № 19-76-00033 Президентской программы исследовательских проектов: «Разработка генетически модифицированных высокопродуктивных форм древесных растений для расширения сырьевой базы биорефайнинга».

2016–2018 – Грант РФФИ для поддержки фундаментальных научных исследований, выполняемых молодыми учеными – докторами или кандидатами наук, в научных организациях Российской Федерации № 16-34-60135 мол_а_дк;

2014–2015 – Грант РФФИ № 14-04-31681 «Изучение влияния гиперэкспрессии ключевых генов биосинтеза гиббереллинов на морфогенез и биомассу древесных растений»;

Проект ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» «Поиск эффективных молекулярно-генетических стресс-маркеров для мониторинга и прогнозирования состояния экосистемы оз. Байкал в условиях увеличивающейся антропогенной нагрузки».

Проекты АВЦП «Развитие научного потенциала высшей школы» № 2.1.1/8106 и № 2.2.2.3/15040.

 

Участие в научно-исследовательских грантах и проектах

2023–2024 – грант РНФ № 23-24-00501 «Филогеографическая структура позднекайнозойских реликтов Южной Сибири и их близкородственных видов с различной широтой голарктического распространения как отражение глобальных климатических изменений» (конкурс МОНГ)»;

2016–2018 – Грант РФФИ № 16-05-00783_а «Структура и пространственная организация растительного покрова неморального рефугима на северном макросклоне хребта Хамар-Дабан (Восточная Сибирь)»;

2014–2015 - Грант РФФИ № 14-04-31350: «Оценка генетического полиморфизма неморальных реликтовых растений Южной Сибири на примере Anemone baicalensis (Ranunculaceae) и Waldsteinia ternata (Rosaceae)».

2014–2016 - Грант РФФИ № 14-04-01233_а «Надмолекулярная организация и реорганизация дыхательной цепи митохондрий растений в условиях холодовой адаптации и низкотемпературного стресса».

Другие гранты и проекты (2005-2012):

Гранты Президента РФ для поддержки молодых российских ученых (МК-351.2009.4; МК-4772.2011.4; МД-2063.2012.4);

Проект АВЦП «Развитие научного потенциала высшей школы (2009-2010 гг.)», № 2.1.1/982.;

Проекты ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» (ГК № 14.740.11.0926; ГК № 16.740.11.0607; ГК № 02.740.11.5136; ГК № П622; ГК № П1046; ГК № П1352);

Гранты РФФИ: № 04-04-48738; № 05-04-97263; № 05-04-97239; №06-04-48099; №08-04-10065; № 08-04-00928-а; № 09-04-00398-а; № 10-04-00611-а; № 10-04-92505-ИК-а (совместно с CRDF); № 11-04-91321-СИГ-а (совместно с объединением Гельмгольца); № 11-04-00174-а; № 11-04-10098-к; № 12-04-90039-Бел_а, № 12-04-98065-р_сибирь_а.

Научные стажировки и работа в составе международных научных групп

2012–2013 – Стажировка в институте гидробиологии при Дрезденском техническом университете - TU Dresden, Institute of hydrobiology (г. Дрезден, Германия);

2011–2012 – Стажировка в Центре экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия);

2011 – Стажировка в Университете Северной Каролины (США, Шарлотт) в лаборатории «Physiological mechanisms of environmental adaptation and stress tolerance in marine organisms»;

2010–2011 – Стажировка в Центре экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия);

2009–2010 – Стажировка в Центре экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия);

2008 – Стажировка на базе “Tahoe environmental research center” - California University, Device (США);

2007 – Международная летняя школа «Лимноэкология Байкала» для российских и немецких студентов и аспирантов (Научно-образовательный центр «Байкал», пос. Большие Коты, Иркутская область).

Общественное признание

2023 – Благодарность губернатора Иркутской области;

2021 – Почетная грамота Президиума сибирского отделения РАН;

2017 – Именная стипендия Мэра г. Иркутска в области науки и техники для нужд городского хозяйства;

2016 – Именная стипендия Фонда им. Вернадского для кандидатов наук;

2015 – Стипендия Президента РФ для молодых ученых;

2013 – Премия «Энергия молодости» некоммерческого партнерства «Глобальная энергия»;

2012 – Премия Правительства РФ в области науки и техники для молодых ученых;

2010 – Именная стипендия Губернатора Иркутской области для аспирантов;

2010 – 2011 – Именная стипендия Президента РФ для аспирантов;

2009 – 2010 – Именная стипендия Правительства РФ для аспирантов;

2008 – Именная стипендия Фонда им. Вернадского для студентов;

2007 – 2008 – Именная стипендия Правительства РФ для студентов;

2006 – 2007 – Именная стипендия Совета БПФ ИГУ для студентов;

2005 – 2006 – Именная стипендия Совета БПФ ИГУ для студентов;

2008, 2009, 2010 – премия НОЦ «Байкал» ИГУ за публикации статей в ведущих рецензируемых журналах.

 

Членство в научных сообществах и ассоциациях

 – Общество физиологов растений России;

 – Ассоциации стипендиатов экологического фонда имени В.И. Вернадского;

Список основных научных публикаций

1. Protopopova M., Pavlichenko V., Chepinoga V., Gnutikov A., Adelshin R. (2023) Waldsteinia within Geum s.l. (Rosaceae): main aspects of phylogeny and speciation history. Diversity, 15 (479): 1-30.
2. Protopopova M., Sandanov D., Pavlichenko V., Selyutina I., Stepanov N. (2023) The curious case of Fritillaria sonnikovae (Liliaceae) in South Siberia: new insights into its origin and phylogeny. Diversity, 15 (193): 1-21.
3. Protopopova M., Pavlichenko V. (2022) Eranthis Salisb. (Ranunculaceae) in South Siberia: insights into phylogeography and taxonomy. Diversity, 14 (779): 1-19.
4. Chepinoga V.V., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Dudov S.V. (2021) Habitat Distribution Patterns of Nemoral Relict Plant Species on the Khamar-Daban Ridge (the South of Eastern Siberia) according to Grid Mapping Data. Russian Journal of Ecology. 52 (3): 212-222.
5. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2021) Kanamycin application features for the selective screening of genetically modified Populus X berolinensis. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 839: 042020.
6. Protopopova M.V., Shvetsova N.A., Pavlichenko V.V. (2021) The perspectives for DNA barcoding of Rhaponticum carthamoides (Willd.) Iljin using rbcL gene sequence. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 908 (012030): 1-7.
7. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Stepanov N.V. (2021) Phylogeographical patterns based on trnH-psbA plastid DNA shed light on evolution within Waldsteinia (Rosaceae). IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 908 (012027): 1-8.
8. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Luckenbach T. (2020) Changes of cellular stress response related hsp70 and abcb1 transcript and Hsp70 protein levels in Siberian freshwater amphipods upon exposure to cadmium chloride in the lethal concentration range. PeerJ, 8: e8635.
9. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Stepanov N.V., Chepinoga V.V. (2020) IAPT chromosome data 32/8. In: Marhold, K. & Kučera, J. (eds.) & al., IAPT chromosome data 32. Taxon, 69(5): 1130, E13–E14.
10. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V., Voinikov V.K. (2020)  A comparative study of the various light sources regenerative potential using Populus berolinensis root explants as an example. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 548 (062093): 1-6.
11. Protopopova M., Pavlichenko V., Gnutikov A., Chepinoga V. (2019) DNA Barcoding of Waldsteinia Willd. (Rosaceae) Species Based on ITS and trnH-psbA Nucleotide Sequences. In: Bychkov I., Voronin V. (eds) Information Technologies in the Research of Biodiversity. Springer Proceedings in Earth and Environmental Sciences. Cham: Springer Nature Switzerland: 107–115.
12. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Орлова Д.А., Чепинога В.В. (2019) Филогеографическая структура Anemone baicalensis (Ranunculaceae) на основе полиморфизма пластидной ДНК (trnL-trnF) подтверждает существование плейстоценовых микрорефугиумов на хр. Хамар-Дабан. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 30: 3–15.
13. Чепинога В.В., Степанов Н.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В. (2019) О распространении Вальдштейнии тройчатой (Waldsteinia ternata, Rosaceae) в Западном Саяне. Ботанический журнал, 104 (8): 1203–1210.
14. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Chepinoga V.V. (2018) IAPT chromosome data 28. Taxon, 67 (6): 1236–1237 (E7–E9).
15. Чепинога В.В., Степанцова Н.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гладких Е.В., Арбузова Г.А., Скорнякова А.М. (2018) Флористические находки на хребте Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье, Восточная Сибирь). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 25: 41–53.
16. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Войников В.К. (2018) Результаты пятилетнего лабораторного культивирования растений тополя берлинского, генетически модифицированных генами uidA и nptII. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 25: 3–14.
17. Chepinoga V.V., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V. (2017) Detection of the Most Probable Pleistocene Microrefugia on the Northern Macroslope of the Khamar-Daban Ridge (Southern Prebaikalia). Contemporary Problems of Ecology, 10 (1): 38–42.
18. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Chepinoga V.V., Konovalov A.D., Zolotovskaya E.D., Pavlichenko V.V. (2017) IAPT/IOPB chromosome data 26. Taxon, 66 (6): 1488-1489.
19. Faria M., Pavlichenko V., Burkhardt-Medicke K., Soares A. M.V.M., Altenburger R., Barata C., Luckenbach T. (2016) Use of a combined effect model approach for discriminating between ABCB1- and ABCC1-type efflux activities in native bivalve gill tissue. Toxicology and Applied Pharmacology, 297: 56-67.
20. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Chepinoga V.V. (2016) IAPT/IOPB chromosome data 22. Taxon, 65 (5): 1201.
21. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Коновалов А.Д., Золотовская Е.Д., Байрамова Э.М, Чепинога В.В. (2016) Перспективы использования внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS1 и ITS2) для идентификации редких видов растений на примере рода Waldsteinia (Rosaceae). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 17: 5–11.
22. Чепинога В.В. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гладких Е.М. (2016) К распространению неморальных видов растений на хребте Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье, Восточная Сибирь). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 17: 30–37.
23. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Байрамова Э.М., Золотовская Е.Д., Коновалов А.Д., Войников В.К. (2016) Различная устойчивость к канамицину трансгенных клонов Populus ×berolinensis экспрессирующих ген NptII. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 18: 3–12.
24. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Золотовская Е.Д., Байрамова Э.М., Коновалов А.Д., Войников В.К. (2016) Изучение влияния различных цитокининов на эффективность образования регенерантов при микроклональном размножении тополя берлинского (Populus berolinensis Dipp.). Известия вузов. Прикладная химия и биотехнология, 6 (4): 164–168.
25. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Люкенбах Т. (2016) Может ли повышенное содержания растворенных гуминовых веществ в водоемах ограничивать распространение эндемичных видов за пределы озера Байкал? Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 15: 89–93.
26. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Люкенбах Т. (2016) Использование RACE ПЦР для получения частичной последовательности, кодирующей Abcb-подобный белок у Gammarus lacustris (Sars, 1863). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 16: 90–93.
27. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V., Timofeyev M.A., Luckenbach T. (2015) Identification of a putatively multixenobiotic resistance related Abcb1 transporter in amphipod species endemic to the highly pristine Lake Baikal. Environmental science and pollution research, 22 (7): 5453-5468.  
28. Чепинога В.В., Мишина А.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Быстров С.О., Вилор М.А. (2015) Новые данные о распространении некоторых неморальных реликтовых растений в предгорьях хребта Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье). Ботанический журнал, 100 (5): 478–489.
29. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гнутиков А.А., Адельшин Р.В., Чепинога В.В. (2015) Использование генетических маркеров для оценки состояния реликтовых видов растений Байкальской Сибири. Вестник РУДН. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности, 4: 28-36.
30. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Menzel R., Putschew A., Luckenbach T., Steinberg C. E.W. (2014) Contrasting cellular stress responses of Baikalian and Palearctic amphipods upon exposure to humic substances: environmental implications. Environmental science and pollution research, 21 (24): 14124-14137.
31. Bedulina D.S., Evgen’ev M.B., Timofeyev M.A., Protopopova M.V., Garbuz D.G., Pavlichenko V.V., Luckenbach T., Shatilina Z.M., Axenov-Gribanov D.V., Gurkov A.V., Sokolova I. M. Zatsepina O.G. (2013) Expression patterns and organization of the hsp70 genes correlate with 2 thermotolerance in two congener endemic amphipod species (Eulimnogammarus cyaneus and E. verrucosus) from Lake Baikal. Molecular Ecology, 22: 1416–1430.
32. Shatilina Z.M., Riss H.W., Protopopova M.V., Trippe M., Meyer E.I., Pavlichenko V.V., Bedulina D.S., Axenov-Gribanov D.V., Timofeyev M.A. (2011) The role of the heat shock proteins (HSP70 and sHSP) in the thermotolerance of freshwater amphipods from contrasting habitats. Journal of thermal biology, 36 (2): 142 – 149.
33. Shatilina Zh.M., Pobezhimova T.P., Grabel’nykh O.I., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Timofeev M.A. (2010) Heat shock proteins in the mechanisms of stress adaptation in Baikal amphipods and Palearctic Gammarus lacustris Sars. I. HSP70 family. Contemporary Problems of Ecology, 3 (1): 41-49.
34. Shatilina Zh.M., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Pobezhimova T.P., Grabelnykh O.I., Timofeyev M.A. (2010) Heat shock proteins in the mechanisms of stress adaptation in Baikal amphipods and Palaearctic Gammarus lacustris Sars II. Small HSP family. Contemporary Problems of Ecology, 3(4): 449-456.
35. Shatilina Zh.M., Gubanov M.V., Zadereev E.S., Pavlichenko V.V., Axenov-Gribanov D.V., Sapozhnikova E.A., Protopopova M.V., Bedulina D.S., Timofeyev M.A. (2010) Comparative study of thermoresistances’ cellular mechanisms in representatives of the Gammarus lacustris Sars populations inhabiting Saline Lake Shira (Republic of Khakassia) and a fresh water body in the Cis-Baikal region. Doklady Biological Sciences, 434 (6): 846–849.
36. Timofeyev M.A., Protopopova M., Pavlichenko V., Steinberg C.E.W. (2009) Can acclimation of amphipods change their antioxidative response? Aquatic Ecology, 43: 1041–1045.
37. Timoveyev M.A., Shatilina Zh.M., Protopopova M.V., Bedulina D.S., Pavlichenko V.V., Kolesnichenko A.V., Steinberg C.E.W. (2009) Thermal stress defense in freshwater amphipods from contrasting habitats with emphasis on small heat shock proteins (sHSPs). Journal of Thermal Biology, 34: 281–285.
38. Timofeyev M., Shatilina Zh., Bedulina D., Protopopova M., Pavlichenko V., Grabelnych O., Kolesnichenko A. (2008) Evaluation of biochemical responses in Palearctic and Lake Baikal' endemic amphipod species exposed to CdCl₂. Ecotoxicology and Environmental Safety, 70: 99–105.