Подразделение существует в Институте с 1981 г. До этого времени в Институте была большая и активно работающая лаборатория флоры и растительных ресурсов, при ней был создан Гербарий им. М.Г. Попова. Эта лаборатория и Гербарий в 1977 г. были переведены в Центральный сибирский ботанический сад СО РАН (г. Новосибирск). В Иркутске остался гербарий мохообразных, созданный Л.В. Бардуновым, часть дублетного фонда сосудистых растений Гербария им. М.Г. Попова (около 7 тыс. листов) и двое сотрудников лаборатории – Л.В. Бардунов и А.А. Киселева, в течение трех с половиной лет числившиеся сотрудниками ЦСБС, в 1981 году они вернулись в СИФИБР. Руководил группой до 2002 г. выдающийся ученый – бриолог, флорист, фитогеограф, заслуженный деятель науки РФ, доктор биологических наук, профессор Л.В. Бардунов. Многие годы Л.В. Бардунов и А.А. Киселева вели ботанические исследования в институте и пополняли гербарные коллекции.
Основное направление работ группы Гербарий – изучение флоры высших растений Байкальской (Центральной) Сибири (моховидные, плауновидные, хвощевидные, папоротниковидные, голосеменные и цветковые растения). Флора Байкальской Сибири до сего времени изучена слабо и неравномерно, по сравнению с флорами европейских регионов. В последние 15 лет проведены масштабные исследования флоры высших растений Присаянья, хр. Хамар-Дабан, Приморского хр., Приольхонья и о-ва Ольхон.
Кроме региональных флористических исследований, при участии Л.В.Бардунова, А.В.Верхозиной, С.Г.Казановского, Е.С.Преловской, А.А.Киселевой, осуществляется инвентаризация флоры высших растений всех особо охраняемых природных территорий Прибайкалья и Забайкалья, сделан серьезный вклад в создание «Списка мхов Восточной Европы и Северной Азии» (2006) и «Конспекта флоры Иркутской области (сосудистые растения)» (2008).
Наряду с изучением аборигенной флоры, изучается адвентивная флора и процессы антропогенной трансформации флоры Байкальской Сибири. По нашим подсчетам, на данный момент число адвентивных растений составляет 445 видов заносных растений, что составляет 16 % всей флоры региона. Темпы заноса чужеродных элементов во флоре постоянно растут. В 50–70-е гг. они составляли 1–2 вида в год, в 80–90 – 6–7, в начале XXI века в Байкальской Сибири в течение года регистрируется 13–14 видов. В последнее время возросло число эргазиофитов. Причин этому несколько: климат региона стал значительно мягче, резко вырос ассортимент выращиваемых культур, при этом эргазиофитам стали уделять больше внимания, раньше они почти не собирались.
Большое внимание уделяется изучению распространения, экологии и отчасти биологии редких, эндемичных и реликтовых видов растений. Коллектив группы принимает активное участие в работах по ведению и составлению Красных книг разного уровня. При его участии вышли «Красная книга Российской Федерации» (2008) и все Красные книги регионов Байкальской Сибири: Иркутской области (2001, 2010), Усть-Ордынского Бурятского автономного округа (2003, 2006), Республики Бурятия (2002), Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа (2002). Кроме флористических исследований, проводятся и фитоценологические (Л.Н.Касьянова, С.Г.Казановский) на юго-западном побережье Байкала и о-ве Ольхон.
При институте существует и активно пополняется гербарий высших растений (IRK). Он состоит из двух отделов – бриологический гербарий и гербарий сосудистых растений.
Для оптимизации изучения флористичского разнообразия, процессов картирования флоры и растительности на основе ГИС-технологий большое значение имеет создание тематических баз данных. Создана База данных «Гербарий СИФИБР СО РАН». В настоящее время она содержит свыше 17 тыс. записей, отражающих полную информацию о включенных в нее гербарных материалах. Ведутся работы по подключению к базе данных региональных карт и массива фотоизображений растений (в природе и в гербарии).
Сотрудники группы ежегодно ведут экспедиционные работы, в последние годы главным образом в южных районах Прибайкалья и Забайкалья.
Под руководством К.З.Гамбурга в институте в 2008 г. создан Региональный банк семян редких, исчезающих и эндемичных растений Прибайкалья, что позволит сохранить эти виды, также проводятся исследования по изучению их биологии и возможностей интродукции. В настоящее время в банке находятся семена 20 видов растений из 8 семейств, собранных в западном, восточном и южном регионах Прибайкалья.
Начаты работы по изучению чисел хромосом видов флоры Байкальской Сибири, поскольку подобные работы в институте (а долгие годы и в регионе) вовсе не велись. У многих видов нашей флоры вообще неизвестны хромосомные числа.
За последние десять лет в группе Гербарий было защищено пять кандидатских диссертаций. По результатам исследований опубликовано 26 статей в ведущих научных журналах, 15 монографий, включая коллективные – важнейшие из них: «Биота Витимского заповедника: флора» (Бардунов и др., 2005), «Конспект флоры сосудистых растений Прибайкальского национального парка» (Зарубин и др, 2005), «В поле и за микроскопом» (Бардунов, 2007), «Споровые растения Прибайкальского национального парка» (Макрый, Казановский, Бардунов и др., 2008), «Мхи и печеночники лесов Сибири» (Бардунов, Васильев, 2010) и учебное пособие «Ботаника» (Казановский, 2004).
В планах группы продолжение флористических и фитоценотических исследований в Байкальской Сибири, особенно на севере этой территории, углубленное изучение процессов антропогенной трансформации флоры. Значительные перспективы связаны с дальнейшим развитием Регионального банка семян. Будут продолжены работы по выявлению и изучению редких и исчезающих видов, по ведению Российской и региональных Красных книг.