Отдел занимается комплексным изучением структурно-функциональной организации наземных экосистем Байкальской Сибири. Подразделениями отдела определена современная экологическая ситуация и составляется прогноз ее развития. Разработаны принципы зонирования территорий по интенсивности воздействия природных и антропогенных факторов, проведена оценка регионального биологического разнообразия на фитоценотическом, видовом и популяционном уровнях. Полученные результаты позволяют составить комплексное представление о механизмах устойчивости наземных экосистем.

Актуальность исследований, проводимых отделом, определяется задачами оценки биосферного значения и пределов устойчивости экосистем крупного региона, включающего участок всемирного наследия – оз. Байкал, его биологического разнообразия, выяснения современной экологической ситуации и прогнозирования ее развития при разных сценарных ситуациях, необходимостью ускоренного создания региональных систем мониторинга окружающей среды, оптимизации природопользования и ведения сельскохозяйственного производства, развития сети особо охраняемых природных территорий, возможностями использования генофонда местной флоры для увеличения сортимента культивируемых растений.

В тематическом отношении отдел объединяет следующие научные подразделения: