Центр коллективного пользования научным оборудованием «Биоаналитика» создан в 2017 г. в соответствии с приказом директора СИФИБР СО РАН от 30.01.2017 г. № 4д
ЦКП является структурным подразделением федерального государственного бюджетного учреждения науки Сибирский институт физиологии и биохимии растений Сибирского отделения Российской академии наук (далее – СИФИБР СО РАН), оказывающим научные услуги подразделениям СИФИБР СО РАН, научным организациям, подведомственным ФАНО России, а также сторонним организациям и ВУЗам РФ, ведущим исследования в области физиологии, биологии и экологии растений с использованием оборудования и научных приборов, находящихся на балансе СИФИБР СО РАН.
В ЦКП на момент организации входят следующие подразделения:
- Биофизических и химических методов исследования;
- Станция искусственного климата;
- Молекулярно-генетических методов исследований;
- Ультрацентрифугирования;
- Микроскопии;
- Секвенирования.
Центр имеет 56 дорогостоящих приборов общей стоимостью 132,2 млн рублей.
Общее руководство ЦКП «Биоаналитика» осуществляет с.н.с Шмаков Владимир Николаевич, тел. +79149085708, E-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.
Результаты работы центра публикуются в виде монографий и научных статей.
ЦКП «Биоаналитика» расположен по адресу: 664033, г. Иркутск, ул. Лермонтова, 132
Документы
- Приказ №4д от 30.01.2017 Об организации Центра коллективного пользования научным оборудованием
- Положение о Центре коллективного пользования научным оборудованием
- Регламент предоставления услуг Центром коллективного пользования научным оборудованием "Биоаналитика" СИФИБР СО РАН
- Типовой договор о выполнении работ и (или) оказании услуг
Форма заявки
Форма заявки для выполнения работ и (или) оказания услуг
Перечень применяемых в ЦКП методик
Методики, используемые в ЦКП «"Биоаналитика" СИФИБР СО РАН
| № п/п | Название методики | Наименование организации, аттестовавшей методику |
|---|---|---|
| 1. | Выделение митохондрий, пластид и вакуолей из корнеплодов столовой свеклы (Beta vulgaris L.) | Прадедова Е.В., Ишеева О.Д., Саляев Р.К. Супероксиддисмутаза вакуолей клеток растений // Биологические мембраны. – 2009. – Т. 26 (1). – С. 21-30. |
| 2. | Определение ферментной активности липоксигеназы, ДГАР, глутатионредуктазы. | Osipova S. Permyakov A., Permyakova M., Pshenichnikova T., Verkhoturov V., Rudikovsky A., Rudikovskaya E., Shishparenok A., Doroshkov A., Börner A. Regions of the bread wheat D genome associated with variation in key photosynthesis traits and shoot biomass under both well watered and water deficient conditions // Journal of Applied Genetics. -2016. - V57 (2). - P 151-163. DOI: 10.1007/s13353-015-0315-4. |
| 3. | Получение ферментного экстракта | Osipova S.V., Permyakov A.V., Permyakova M.D., Pshenichnikova T.A., Genaev M.A. Börner A. The antioxidant enzymes activity in leaves of inter – varietal substitution lines of wheat (Triticumaestivum L.) with different tolerance to soil water deficit // Acta Physiologiae Plantarum. - 2013. – 35. – P. 2455-2465. DOI:10.1007/S11738-013-1280-3 |
| 4. | Получение субклеточных фракций из листьев пшеницы | Пермякова М.Д., Пермяков А.В., Осипова С.В., Пшеничникова Т.А., Шишпарёнок А.А., Рудиковская Е.Г., Рудиковский А.В., Верхотуров В.В., Бёрнер А. Хромосомные области, ассоциированные с активностью липоксигеназы в геноме D TriticumaestivumL. при водном дефиците // Физиология растений. - 2017. - Т. 64 (1). - С. 1-14. DOI: 10.7868/S0015330317010110 |
| 5. | Выделение общего клеточного белка из хвои сосны обыкновенной | Korotaeva N.E., Oskorbina M.V., Kopytova L.D., Suvorova G.G., Borovskii G.B., Voinikov V.K. Variations in the content of stress proteins in the needles of common pine (Pinus sylvestris L.) within an annual cycle // Journal of Forest Research. - 2012. – V. 17 (1). - P. 89-97. |
| 6. | Определение фотосинтетических пигментов в растительных тканях. | Kupper H., Seibert S., Parameswaran A. Fast, sensitive, and inexpensive alternative to analytical pigment HPLC: Quantification of chlorophylls and carotenoids in crude extracts by fitting with Gauss Peak Spectra // Anal. Chem. - 2007. - V.79 (20). – P. 7611-7627. |
| 7. | Выделение мембранной и растворимой форм аденилатциклазы. | Ломоватская Л.А., Макарова Л.Е., Кузакова О.В., Романенко А.С., Гончарова А.М. Влияние N-фенил-2-нафтиламина на активность компонентов аденилатциклазной сигнальной системы и вирулентность бактериальных фитопатогенов и мутуалистов растений // Прикладная биохимия и микробиология. – 2016. – Т. 52 (3). – С. 306–311. |
| 8. | Выделение вакуолярных мембран (везикул тонопласта) | Саляев Р.К., Кузеванов В.Я., Хаптагаев С.Б., Копытчук В.Н. Выделение и очистка вакуолей и вакуолярных мембран из клеток растений // Физиология растений. - 1981. - Т. 28. - С. 1295–1305. |
| 9. | Выделение плазмалеммы | Larsson C., Sommarin M., Widell S. Isolation of highly purified plant plasma membranes and separation of inside-out and right-side-out vesicles. // Methods Enzymol.- 1994.- V. 228.- P. 451–469. |
| 10. | Выделение липидных рафтов | Mongrand S., Morel J., Laroche J., Claverol S., Carde J.P., Hartmann M.A.,Bonneu M., Simon-Plas F., Lessire R., Bessoule J.J. Lipid rafts in higher plant cells: purification and characterization of Triton X-100-insoluble microdomains from tobacco plasma membrane. //J Biol Chem.- 2004.- V.279 (35).- P. 36277-3686. |
| 11. | Секвенирование ДНК по методу Ф. Сэнгера с помощью автоматического капиллярного электрофореза | BigDyeTMTerminatorv3.1 Cycle Sequencing Kit. User Guide, ThermoFisherScientific.- 2016.- Publication number 4337035,Revision C |
| 12. | Термографическая регистрация тепловых эффектов у растений при низкотемпературном стрессе. | Kovchavtcev A.P., Bazovkin V.M., Polovinkin V.G., Finnikov K.A., Korzun A.M., Kolesnichenko A.V., Voinikov V.K. Thermographic registration of thermal effects in plants exposed to cold stress // J. stress physiol. biochem.- 2011.- V.7 (4).- P. 437-445. |
| 13. | Количественное определение изменений уровней экспрессии генов с помощью ПЦР в реальном времени | Gibson U.E., Heid C.A., Williams P.M. A novel method for real time quantitative RT-PCR. Genome // Res.- 1996.- V.6.- P. 995–1001. |
| 14. | Количественное определение изменений профилей экспрессии генов на уровне целого транскриптома с использованием технологии ДНК- микрочипов высокого разрешения | Schena M., Shalon D., Davis R.W., Brown P.O. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray // Science. – 1995. – V.270(5235). – P.467-470. |
| 15 | Определение флуоресценции хлорофилла А | Михайлова Т.А., Тараненко Е.Н., Рудиковский А.В., Горшков А.Г. Влияние аэрозольных полициклических ароматических углеводородов на хвойные деревья в модельных опытах // Лесоведение. – 2015. – 1.- С. 36-43. |
| 16 | Спектрофотометрическое определение содержания и состава хлорофиллов | Ni Z., Kim E.D., Ha M., Lackey E., Liu J., Zhang Y., Sun Q., Chen Z. J. Altered circadian rhythms regulate growth vigor in hybrids and allopolyploids // Nature. – 2009. – V.457. – P. 327-331. |
| 17 | Спектрофотометрическое предеоление содержания глюкозы энзиматическим методом | Гарник Е.Ю., Бельков В.И., Тарасенко В.И., Корзун М.А., Константинов Ю.М. Экспрессия генов глутатионредуктазы Arabidopsis thaliana зависит от хлоропластных сигналов // Биохимия. – 2016. – Т. 81 (4). – С. 506-515. |
| 18 | Спектрофотометрическое определение активности глутатионредуктазы | Mannervik B. Measurement of glutathionereductase activity // Curr. Protoc. Toxicol. – 2001. – Chapter 7, Unit 7.2. DOI:10.1002/0471140856.tx0702s00. |
| 19 | Спектрофотометрическое определение активности глутамат дегидрогеназы | Turano F.J., Thakkar S.S., Fang T., Weisemann J.M. Characterization and expression of NAD(H)-dependent glutamate dehydrogenase genes in Arabidopsis // Plant Physiol. – 1997. – V. 11 (3). – P. 1329-1341. |
| 20 | Выделение РНК из растительного материала | Гарник Е.Ю., Бельков В.И., Тарасенко В.И., Корзун М.А., Константинов Ю.М. Экспрессия генов глутатионредуктазы Arabidopsis thaliana зависит от хлоропластных сигналов // Биохимия. – 2016. – Т. 81 (4). – С. 506-515. |
| 21 | Выделение белков для определения активности ферментов | Turano F.J., Thakkar S.S., Fang T., Weisemann J.M. Characterization and expression of NAD(H)-dependent glutamate dehydrogenase genes in Arabidopsis // Plant Physiol. – 1997. – V. 11 (3). – P. 1329-1341. |
| 22 | Выделение растворимых углеводов | Гарник Е.Ю., Бельков В.И., Тарасенко В.И., Корзун М.А., Константинов Ю.М. Экспрессия генов глутатионредуктазы Arabidopsis thaliana зависит от хлоропластных сигналов // Биохимия. – 2016. – Т. 81 (4). – С. 506-515. |
| 23 | Экстракция хлорофиллов из зеленых тканей арабидопсиса | Ni Z., Kim E.D., Ha M., Lackey E., Liu J., Zhang Y., Sun Q., Chen Z. J. Altered circadian rhythms regulate growth vigor in hybrids and allopolyploids // Nature. – 2009. – V.457. – P. 327-331. |
| 24 | Определение содержания активных форм кислорода в клетке с помощью флуоресцентного красителя (H2DCF • DA) | Рихванов Е.Г., Федосеева И.В., Варакина Н.Н., Русалева Т.М., Федяева А.В. Механизм гибели дрожжей Saccharomyces cerevisiae при тепловом шоке. Эффект циклогексимида на этот процесс // Биохимия. – 2014. – Т. 79 (1). – С. 22–32. |
| 25 | Определение жизнеспособности клеток с помощью флуоресцентных красителей (FDA, PI) | Федяева А.В., Степанов А.В., Любушкина И.В., Побежимова Т.П., Рихванов Е.Г. Тепловой шок индуцирует продукцию активных форм кислорода и повышает потенциал на внутренней митохондриальной мембране в клетках озимой пшеницы // Биохимия. – 2014. – Т. 79 (11). – С. 1476–1486. |
| 26 | Определение митохондриального мембранного потенциала клеток с помощью флуоресцентных красителей (JC-1, MO) | Федяева А.В., Степанов А.В., Любушкина И.В., Побежимова Т.П., Рихванов Е.Г. Тепловой шок индуцирует продукцию активных форм кислорода и повышает потенциал на внутренней митохондриальной мембране в клетках озимой пшеницы // Биохимия. – 2014. – Т. 79 (11). – С. 1476–1486. |
| 27 | Определение уровня кальция в клетках с помощью флуоресцентного красителя (Fluo-4 AM) | Пятрикас Д.В., Рихванов Е.Г., Федосеева И.В., Варакина Н.Н., Русалёва Т.М., Таусон Е.Л., Степанов А.В., Боровский Г.Б., Войников В.К. Митохондриальная ретроградная регуляция экспрессии HSP101 Arabidopsis thaliana при тепловом стрессе и действии амиодарона // Физиология растений. – 2014. – Т. 61 (1). – С. 88–98. |
| 28 | Определение содержания жирных кислот общих липидов в растительных тканях с использованием газовой хроматографии-масс-спектрометрии. | Макаренко С.П. и др. Жирнокислотный состав суммарных липидов эмбриогенных и неэмбриогенных каллусных линий лиственницы // Физиология растений. – 2016. - Т. 63 (2). - С. 267-274. |
| 29 | Определение содержания липидных классов в тканях растений, в том числе в каллусной культуре с использованием высокоэффективной жидкостной хроматографии. | Дударева Л.В. и др. Характеристика липидного и жирнокислотного состава морфогенных и неморфогенных каллусов пшеницы Triticum aestivum L. // Биологические мембраны. – 2016. - Т. 33 (2).- С. 133-139. |
| 30 | Определение содержания фитогормонов (ауксинов, абсцизовой кислоты, жасмоновой и салициловой кислот) в тканях растений (ГХ-МС). | Dudareva L.V. et. all Influence of low- intensity laser radiation on the dynamics of some phytohormones content in the callus tissues of wheat Triticum aestivum L. // Laser Physics. – 2017.- V. 27 (5). DOI:10.1088/1555-6611/aa65 |
| 31 | Количественный анализ содержания флавоноидов в растительных объектах с использованием высокоэффективной жидкостной хроматографии. | Рудиковская Е.Г. и др. Особенности фенольного состава плодов Malus baccata // Химия природных соединений. – 2014. – 4. - С. 640-641. |
| 32 | Полуколичественный анализ содержания эфирных масел в растительных тканях (ГХ-МС). | Опарин Р.В. и др. Исследование химического состава эфирного масла Monarda fistulosa L. и Monarda didyma L., культивируемых в условиях Западной Сибири // Химия растительного сырья. – 2000. - Т.4 (3). - С. 17–22. |
| 33 | Определение аминокислотного состава биологических объектов методом газовой хроматографии-масс-спектрометрии. | Фурса Н.С. и др. Хромато-масс-спектрометрический анализ компонентного состава этанольного извлечения семян сорта Воронежский амаранта печального до и после экстракции гексаном // Вестник ВГУ, Серия: Химия. Биология. Фармация. – 2013. – 1. - С. 240-247. |
| 34 | Выделение белка крови с последующим разделением SDS-PAGE и сканированием результатов фореза | Черняк Ю.И., Ицкович В.Б., Бадуев Б.К., Боровский Г.Б. Зависимость содержания в крови HSP70 и HSP90 от генотипов полиморфных вариантов генов HSP70, GSTT1 и GSTM1 у лиц, подвергшихся хроническому воздействию ртути // Бюл. эксп. биол. мед. – 2012. - Т154 (7). - С. 78-82. |
Основные направления исследований, проводимых в ЦКП
- Исследования в области биологии развития и эволюция живых систем: физико-химические основ физиологических процессов в растениях
- Исследования в области клеточной биологии: экспрессии генетической информации в клетке, генетической инженерии
- Инструментальные методы изучения механизмов устойчивости и продуктивности растений
- Исследования в области физиолого-экологических проблем биоразнообразия.
Перечень выполняемых типовых работ и оказываемых услуг
| № | Оборудование | Перечень выполняемых работ (услуг) | Параметры |
| 1 | ЦентрифугиAllegra 64 R |
1. Экстракция общего клеточного белка хвои. 2. Экстракция общего клеточного белка арабидопсиса. |
1. 8 мл*6, 50000g; 2. 3 мл*6, 15000g |
| Первичное осаждение митохондрий | В объеме 800 мл (2*400 мл) при 4000g | ||
|
1.Осаждение белка, липоксигеназы, ДГАР 2. Очистка образца методом центрифугирования |
25 000 g; 40 мин; Объём 1,5 мл ×12 штук. |
||
| Дифференциальное центрифугирование. |
V=30 мл × 6= 180 мл; 16 000 g |
||
| 2 | Ультрацентрифуга Sorvall Discovery 90 SE |
1.Дифференциальное центрифугирование. 2.Получение микросомальной фракции. |
V=5 мл × 8=40 мл; 105 000 g |
| 3 | Центрифуги: Avanti J-26XP, Sorvall Discovery 90 SE, Allegra 64 R | Очистка экстракта от взвешенных частиц |
10 000 g, 4 °С, 5 мин 6 × 38,5 мл |
| 4 | Генетический анализатор 3500 (Applied Biosystems) | Секвенирование ДНК по методу Сэнгера |
Длина прочтения (в основаниях): - максимальная – 1000; - средняя – 800; - средняя в хорошем разрешении – 500-600. Для первых 20-25 оснований – прочтение не гарантируется. Тип анализируемой матрицы: - плазмидная ДНК (< 15 тыс. п.о.); - ПЦР-продукт (250-2000 п.о.); - одноцепочечная ДНК; - космиды и ВАС; - бактериальная ДНК; - другие варианты по согласованию. |
| 5 | Автоматическая станция для разрушения и гомогенизации биообразцов TissueLyser II | Автоматизированная гомогенизация биологических образцов | 3-30 Гц |
| 6 | Автоматическая станция для выделения ДНК, РНК и белков QIAcube | Автоматизированное выделение препаратов нуклеиновых кислот и белков | 1-12 образцов |
| 7 | Центрифуга 5415R | Осаждение/разделение клеточных компонентов при выделении/очистке биополимеров |
13200 об/мин, 16 100 g, 0 – 40 °C |
| 8 | Центрифужный испаритель Concentrator plus | Концентрирование/высушивание биологических образцов |
30, 45, 60°С, 1400 об/мин, максимальный уровень вакуума -20мбар |
| 9 | Спектрофотометр SmartSpec Plus | Определение количества клеток, нуклеиновых кислот, белков и т.д. в биологических препаратах | 200-800 нм |
| 10 | Амплификатор C1000 Touch с реакционным модулем CFX96 | Исследование профилей экспрессии генов, определение копийности ДНК | 6 каналов, диапазон поглощения/испускания 450–730нм |
| 11 | Сканер микроэррей SureScan microarray scanner G2600D | Исследование профилей экспрессии генов на уровне целого транскриптома | 2, 3, 5, 10 мкм |
План работы ЦКП
План работы ЦКП формируется на основе поступающих заявок.
Сведения о календарной загрузке научного оборудования можно уточнить у руководителя ЦКП «Биоаналитика».
Сведения о выполненных работах и оказанных услугах
Перечень оборудования ЦКП
| № | Наименование оборудования в ЦКП | Наименование оборудования в бух.учете | Количество (шт.) |
|---|---|---|---|
| 1 | Автоматическая станция для разрушения и гомогенизации биообразцов TissueLyser II (Qiagen, Германия, 2010) | Автоматическая станция для разрушения гомогенизации биологич.образцов TissueLyser II | 1 |
| 2 | Автоматическая станция для выделения ДНК, РНК и белков QIAcube (Qiagen, Германия, 2010) | Автоматическая станция для выделения ДНК,РНК или белков QIAcube | 1 |
| 3 | Амплификатор C1000 Touch с реакционным модулем CFX96 (Bio-Rad, США, 2010) | Термоциклер 96 луночный С 1000 | 1 |
| 4 | Генетический анализатор 3500 (AppliedBiosystems, США, 2016) | Генетический анализатор (в составе: комплекс приборов для секвенирования АВ-А26637_kit, Thermo Fisher Scientifik (Applied Biosystems), США, стартовый комплект для запуска и работы генетического анализатора AB-4404685_kit,Thermo Fisher Scientifik (Applied Biosystems), США | 1 |
| 5 | ИК-Фурье-спектрометр FT-IR Spectrum One (Perkin Elmer Instruments, США, 2005) | ИК-Фурье-спектрометр Spectrum One в комплекте | 1 |
| 6 | Климатическая ростовая камера KBW-240 (Binder, Германия, 2007) | Камера для роста растений КВW 240 | 1 |
| 7 | Климатическая ростовая камера KBW 400 (Binder, Германия, 2010) (4 шт) | Климатическая камера Binder KBW 400 | 4 |
| 8 | Климатическая ростовая камера KBW 720 (Binder, Германия, 2010) (6 шт) | Климатическая камера Binder KBW 720 | 6 |
| 9 | Климатическая ростовая камера KBWF 720 (Binder, Германия, 2010) (2 шт) | Климатическая камера Binder KBWF 720 | 2 |
| 10 | Климатическая ростовая камера KBWF 240 (Binder, Германия, 2010) (2 шт) | Климатическая камера Binder KBWF-24G | 2 |
| 11 | Климатическая ростовая камера MKT-240 (Binder, Германия, 2010) (2 шт) | Камера для моделирования условий окружающей среды | 2 |
| 12 | Климатическая проходная ростовая камера PM-HL2 (CLF PlantClimatics, Германия, 2010) | Климатическая камера r PM-HL2 | 1 |
| 13 | Климатическая проходная ростовая камера PM-HL3 (CLF PlantClimatics, Германия, 2010) | Климатическая камера PM-HL3 | 1 |
| 14 | Микроскоп инвертированный Axio Observer (Carl Zeiss Microscopy, Германия, 2007) | Микроскоп "Axio Observer" | 1 |
| 15 | Микроскоп люминесцентный Axiostar Plus (Carl Zeiss Microscopy, Германия, 2008) | Микроскоп "Аксиостар плюс" в комплекте | 1 |
| 16 | Переносной импульсный флуориметр Walz PM-2500 | Комплекс для работы в полевых условиях | 1 |
| 17 | Система биобаллистической трансформации PDS 1000/He System (Bio-Rad, США, 2010) | Система биолистической трансфекции PDS 1000/HeSystem | 1 |
| 18 | Система для высокоэффективной жидкостной хроматографии Милихром–А02 (Институт хроматографии ЭкоНова, Россия, 2013) | Хроматограф МИЛИХРОМ А-02 | 1 |
| 19 | Сканер флуоресцентный Etan DIGE imager (GE Healthcare, Швеция, 2008) | Сканирующий имэджер Эттан Дайдж с набором для инсталяции | 1 |
| 20 | Сканер микроэррей SureScan microarray scanner G2600D (Agilent Technologies, США, 2014) | Приборный комплекс для геномных и транскриптомных исследований | 1 |
| 21 | Спектрофлуориметр RF-5301PC (Shimadzu, Япония, 2006) | Спектрофлуориметр RF-5301PC | 1 |
| 22 | Спектрофотометр УФ-ВИД – S100 (Analitic Jena, Германия, 2002) | Спектрофотометр "Спекорд" С-100 | 1 |
| 23 | Спектрофотометр SmartSpec Plus (Bio-Rad, США, 2010) | Спектрофотометр SmartSpec Plus | 1 |
| 24 | Ультрацентрифуга DISCOVERY 90SE (Kendro, США, 2005) | Ультрацентрифуга Discovery | 1 |
| 25 | Центрифуга ALLEGRA 64R (Beckman Coulter, США, 2007) (4 шт) | Центрифуга ALLEGRA 64R | 4 |
| 26 | Центрифуга AWANTI J-26 XR с ротором JLA-10/500 (Beckman Coulter, США, 2007) | Центрифуга Avanti J-26 XR Ротор JLA-10/500 ( центриф. Аvаnti J-26XPi) |
1 |
| 27 | Центрифуга 5415R (Eppendorf, Германия, 2010) | Центрифуга 54 15R | 1 |
| 28 | Центрифужный испаритель Concentrator plus (Eppendorf, Германия, 2010) | Концентратор Vacufuge plus | 1 |
| 29 | Хромато-масс-спектрометр 6890N/5973 MSD (Agilent Technologies, США, 2003) | Хромато-масс-спектрометр 5973№6890N | 1 |
| 30 | Хромато-масс-спектрометр тандемный 7890A/7000 QQQ (Agilent Technologies, США, 2010) | Газовый хроматограф Agilent 7890А с хромато-масс-спектрометрической системой | 1 |